| 专利名称 | 基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法 | 申请号 | CN201310670752.4 | 专利类型 | 发明专利 | 公开（公告）号 | CN103699819A | 公开（授权）日 | 2014.04.02 | 申请（专利权）人 | 深圳先进技术研究院 | 发明（设计）人 | 孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中 | 主分类号 | G06F19/22(2011.01)I | IPC主分类号 | G06F19/22(2011.01)I | 专利有效期 | 基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法 至基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法 | 法律状态 | 实质审查的生效 | 说明书摘要 | 本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于多步双向De?Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De?Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De?Bruijn图中对分叉顶点的变长kmer进行构造和统计；步骤C：在所述多步双向De?Bruijn图中基于变长kmer查询的顶点扩展。本发明只选取一些分叉的顶点构建非常少的一些变长kmer，然后对这些分叉顶点进行定向解耦，无需对每种kmer长度都去构建一个De?Bruijn图，可以方便快速地解决所有长度小于序列长度的repeat，最大化contig的长度和质量。 |
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