| 专利名称 | 基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法 | 申请号 | CN201310670740.1 | 专利类型 | 发明专利 | 公开（公告）号 | CN103699818A | 公开（授权）日 | 2014.04.02 | 申请（专利权）人 | 深圳先进技术研究院 | 发明（设计）人 | 孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中 | 主分类号 | G06F19/22(2011.01)I | IPC主分类号 | G06F19/22(2011.01)I | 专利有效期 | 基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法 至基于多步双向De Bruijn图的变长kmer查询的双向边扩展方法 | 法律状态 | 实质审查的生效 | 说明书摘要 | 本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于多步双向De?Bruijn图的变长kmer查询的顶点扩展方法，包括：步骤A：读取测序数据源文件，构造多步双向De?Bruijn图；步骤B：在所述多步双向De?Bruijn图中对交叉双向边进行统计；步骤C：在所述多步双向De?Bruijn图中基于变长kmer查询的双向边扩展。本发明只针对De?Bruijn图上已经存在的分叉边构造变长的kmer组合，并在输入序列中查询其出现次数，然后根据其次数选择双向边的合并；选择最优的分叉边的合并，将双向边的错误合并的可能降到最低；可以显著提高contigs的长度，也能够将contig的质量损失降到最小。 |
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