| 专利名称 | 双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法 | 申请号 | CN201310670440.3 | 专利类型 | 发明专利 | 公开（公告）号 | CN103699813A | 公开（授权）日 | 2014.04.02 | 申请（专利权）人 | 深圳先进技术研究院 | 发明（设计）人 | 孟金涛;张慧琳;彭丰斌;魏彦杰;冯圣中 | 主分类号 | G06F19/10(2011.01)I | IPC主分类号 | G06F19/10(2011.01)I | 专利有效期 | 双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法 至双向多步De Bruijn图的重复双向边识别与去除方法 | 法律状态 | 实质审查的生效 | 说明书摘要 | 本发明公开一种双向多步De?Bruijn图的重复双向边识别与去除方法，包括步骤：S1.读取测序数据源文件，并构造双向多步De?Bruijn图；S2.判断出度为3的顶点u是否指向的同一个顶点v的同一方向或者同一端，指向相同的一端为耦合重复双向边，指向不同的一端为错误重复双向边；S3.对被判定含有耦合重复双向边顶点u和被判定含有错误重复双向边顶点u进行判断删除。本发明根据重复双向边形成，将部分重复双向边分类，并采取正确的措施清除De?Bruijn图中存在的重复双向边；使contigs可以继续延长，De?Bruijn图继续收缩；有效的解耦并去除重复双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而可以一定程度上提高contigs的长度，提高contig的质量。 |
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