| 专利名称 | 一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法 | 申请号 | CN201310176240.2 | 专利类型 | 发明专利 | 公开（公告）号 | CN103258145A | 公开（授权）日 | 2013.08.21 | 申请（专利权）人 | 中国科学院深圳先进技术研究院 | 发明（设计）人 | 曾理;成杰峰;孟金涛;涂志兵;冯圣中 | 主分类号 | G06F19/18(2011.01)I | IPC主分类号 | G06F19/18(2011.01)I | 专利有效期 | 一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法 至一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法 | 法律状态 | 实质审查的生效 | 说明书摘要 | 本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于De?Bruijn图的并行基因拼接方法，包括：S1.并行构建分布式De?Bruijn图；S2.剔除错误路径；S3.基于深度图遍历方法对De?Bruijn图进行化简；S4.合并contig，生成scaffold；S5.输出scaffold。本发明基于集群系统，并行构造De?Bruijn图，解决了大基因组拼接时由于其数据量太大，传统单机串行的基因拼接算法无法构图和无法进一步处理的问题；同时，在化简过程中，进行基于深度图遍历的并行化简，图化简过程简单，并行度高，拼接速度快。 |
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